1、某些生产尚未规范化、质量检验尚未标准化：由于缺少严格的质量检验标准，中药超微粉碎的研究大多都还在实验室做，此技术想要大规模的投入生产，还需要一段时间。多数复方制剂及单方的有效物质基础尚不清楚，中药产品缺乏一致的疗效评价标准。
2、中药超微粉碎机粉碎后的药材缺乏可控指标、药效学和药理学都需深入研究：其研究主要限于动物实验或体外溶出度实验。从药代动力学角度研究的少，药物毒副作用的角度研究不系统，药理作用的研究尚需深入，如：药物粉碎到什么粒径时，既能达到理想的疗效，同时又不产生新的不良反应。
3、超微粉碎后的中药在体内检测需加紧进行：由于中药超微制剂溶出度大，有效成分和其他成分的溶出同时增加，微米中药颗粒十分小，否会黏附在胃肠黏膜上，影响胃肠酶的活性、离子通道、胃肠激素分泌、黏膜吸收等；超微粉碎技术粉碎后细胞内的活性成分可能会发生化学变化，如：蒲公英经过超粉粉碎后，其薄层色谱鉴别会发生明显的改变。
经中药超微粉碎机粉碎后，原药材的提取率得到了明显的提高，可直接运用于很多新剂型的研制。但并不是每味中药都适合于超微粉碎技术，像是挥发性成分较多、黏液质、含淀粉的药材就不适合做超微粉碎。
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