有机肥作为基肥，可铺在苗床上，局部改良土壤;也可将有机肥撒到地表，在播种前随着翻地将肥料全面施入土壤表层，然后耕入土中。施用原则如下：
第一，条施、穴施、集中施用，特别是生物有机肥和功能性有机肥。从肥效上看，集中施用对发挥磷素养分的肥料最为有效。如果直接把磷素养分施入土壤，有机肥料中速效态磷成分易被土壤固定，因而肥效降低。沟施、穴施的关键是把养分施在根系能够伸展的范围内。最理想的施肥方法是，肥料莫接触种子或作物的根，距离根系有一定距离，作物生长到某些特定的程度后才能吸收利用。
第二，液体有机肥，含有大量速效养分，随灌溉施用，作追肥。有些腐熟好的有机肥料也可作追肥施用。作追肥应注意以下三点：其一，有机肥中大量缓效养分释放需要一个过程，所以有机肥料做追肥时，应比化肥追肥提前几天。其二，有机肥料养分含量低，当有机肥料中缺乏某些成分时，可施用适当的单一化肥加以补充。其三，制定合理的基肥、追肥分配比例，高温栽培作物最好减少基肥施用量，增加追肥施用量。
第三，有机肥的养分供应原则是，要满足有机肥提供的氮素与化肥提供的氮素比例=1∶1的要求。
第四，不同质地土壤中有机肥料养分释放转化性能和土壤保肥性能不同，应采用不一样的施肥方案。砂土应增施有机肥料，提高土壤有机质含量，可改善土壤的理化性状，增强保肥保水性能。但对于养分含量高的优质有机肥料，一次使用量不能太多，使用过量容易烧苗，转化的速效养分容易流失，养分含量高的优质有机肥料可分底肥和追肥多次使用。粘土地施用的有机肥料必须充分腐熟，粘土养分供应慢，有机肥料应早施，可接近作物根部。
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